Rozróżnienie płci może sprawiać cokolwiek problemy z uwagi na rozmiary zwierząt – można wspomóc się tu lupą. Samiec jest nieco mniejszy. Odległość między odbytem i ujściem cewki moczowej, pod którym znajduje się charakterystyczne uwypuklenie, jest u niego znacznie większa niż u samicy. Dobrze widoczne są jądra – pod skórą (młody samczyk) lub w worku mosznowym (stary samiec).
Dojrzałość płciową myszy pigmejskie osiągają w wieku 4–6 tygodni, ale do rozrodu powinny przystępować osobniki, które ukończyły 2,5 miesiąca. Jest to gatunek poliestralny. Cykl płciowy trwa 4–5 dni, a ruja od kilku do kilkunastu godzin. Po kopulacji pochwa zamykana jest białawym czopem kopulacyjnym, uformowanym z wydzieliny gruczołów dodatkowych samca (pęcherzyków nasiennych i gruczołu krokowego). Wypada on po 1–2 dobach.
Ciąża trwa około 19 dni. W miocie rodzi się do 7 młodych (zwykle 2–4), a zatem są to mniej liczne mioty niż ma to miejsce u myszy laboratoryjnej.Masa ciała noworodków wynosi około 0,8 g. Płodna ruja poporodowa pojawia się zwykle mniej więcej dobę po porodzie i jeśli nie chcemy, aby doszło do ponownego zapłodnienia samicy należy kilka dni wcześniej oddzielić od niej samca. Ssaki te są oczywiście gniazdownikami – młode rodzą się ślepe, głuche, łyse i bezradne.
Nierzadki jest kanibalizm młodych. Szczególnie niepokojona samica może zjeść swoje potomstwo. Miałem też przypadki nieogrzewania i niekarmienia przez matkę młodych, co szybko doprowadzało do ich śmierci. Samice utrzymywane w grupie często wspólnie odchowują potomstwo w jednym gnieździe (młode mogą być w różnym wieku).
Oseski pokrywają się sierścią 8-10 dnia), otwierają oczy 12-14 dnia, zaczynają słyszeć od 4-go dnia, zęby wyrzynają im się od 8-12 dnia, a w skórze pojawia się pigment od 3 dnia. Mleko matki stanowi wyłączny pokarm osesków do 2-go tygodnia życia, czyli momentu otwarcia się oczu.
Młode można odsadzać od matki już wieku 3-3,5 tygodni (wtedy przestają ssać i pobierają już pokarm stały). W tym czasie należy rozdzielić je według płci. W roku samicy nie powinno się pozwalać na więcej niż 3-4 wykoty. Okres między oddzieleniem potomstwa a ponownym dopuszczeniem do samca powinien wynosić co najmniej 3-4 tygodnie. Samice eksploatowane permanentnie szybko słabną i krótko żyją.
O zasadach chowu afrykańskiej myszy pigmejskiej przeczytasz tu: